법적고지 [정보성 세무 아티클 (광고 포함)] 본 아티클은 조세특례제한법, 법인세법 및 사회적기업 육성법 등 관계 법령에 기초하여 작성되었으며, 개별 과세 사안은 사실관계에 따라 세무전문가와 별도 협의가 필요합니다.
OT
오투스세무법인 서울분사무소 · 사회적경제·비영리 세무팀
사회적경제 & 비영리 세무 실무 2026 최종 업데이트: 2026년 10월 10일

사회적기업·비영리법인·협동조합 세무 가이드: 법인세 5개년 감면, 고유목적사업준비금 손금산입 및 구분경리 실무

사회적 가치를 실현하는 사회적기업, 비영리 사단·재단법인, 협동조합은 일반 영리기업과 세법상 취급이 완전히 다릅니다. 조특법 제85조의6에 따른 최초 3년간 100% + 이후 2년간 50% 법인세 세액감면, 법인세법 제29조에 따른 고유목적사업준비금 100% 손금산입, 그리고 수익사업과 비수익사업의 세무상 구분경리 의무를 체계적으로 이해하지 못하면 불필요한 법인세 과세와 가산세, 보조금 환수 처분이라는 치명적인 위험에 직면하게 됩니다.

사회적기업 감면
최초 3년 100% 감면
후속 2개년 감면
추가 2년 50% 감면
고유목적사업준비금
최대 100% 손금산입
사후관리 기간
5년 내 사용 의무
사회적기업 비영리법인 협동조합 세무 실무 가이드
공공성과 공익성을 담보하는 비영리법인 및 사회적기업의 투명한 회계 기장과 합법적 절세 전략

사회적경제·비영리 세무 핵심 목차 바로가기

CHAPTER 01

사회적기업·비영리법인·협동조합 법인 성격별 과세 체계 비교

사회적 가치를 지향하는 조직이라 하더라도 설립 법률과 법인 형태에 따라 법인세법상 납세의무 범위가 근본적으로 달라집니다. 많은 실무자들이 비영리법인과 사회적기업, 협동조합을 혼동하여 과세 대상을 잘못 판정하는 실수를 저지릅니다.

구분 항목 인증 사회적기업 (영리형) 비영리법인 (사단·재단법인) 일반 협동조합 vs 사회적협동조합
법인세법상 지위 영리내국법인 (주식회사 등) 비영리내국법인 (법인세법 제2조) 일반조합: 영리법인
사회적조합: 비영리법인
과세 소득 범위 각 사업연도 전체 소득 과세 수익사업에서 발생한 소득만 과세 일반: 전체 소득 과세
사회적: 수익사업 소득만 과세
핵심 세제 혜택 조특법 85조의6 (5개년 감면) 고유목적사업준비금 손금산입 사회적협동조합은 고유목적준비금 손금산입 가능
기부금 영수증 발급 원칙적 불가 (별도 비영리 형태 필요) 공익법인(지정기부금단체) 지정 시 가능 사회적협동조합은 기재부 지정 시 공익법인 기부금 영수증 발급
배당 가능 여부 배당 가능 (이윤의 2/3 재투자 요건) 배당 절대 금지 일반조합: 출자배당 가능
사회적조합: 배당 절대 금지

전문 세무사의 실무 조언: 법인 형태별 전략적 매칭

수익형 사업 모델이 명확하고 민간 투자가 필요한 기업은 영리형(주식회사) 인증사회적기업을 통해 5개년 법인세 감면을 활용하는 것이 유리합니다. 반면, 기부금 모금과 후원금, 공공위탁사업이 주축인 경우 사회적협동조합 또는 사단법인을 설립하여 고유목적사업준비금을 통한 비과세 구조를 설계해야 합니다.

CHAPTER 02

조특법 제85조의6: 인증사회적기업 5개년 법인세 감면 요건

조세특례제한법 제85조의6(사회적기업 및 장애인표준사업장에 대한 법인세 등의 감면)은 고용노동부 장관으로부터 사회적기업 인증을 받은 법인에 대해 파격적인 세제 감면을 부여합니다.

최초 3개 사업연도

법인세 100% 전액 감면

해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(인증일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 2개 과세연도까지 법인세 또는 소득세의 100분의 100을 감면합니다.

그 다음 2개 사업연도

법인세 50% 추가 감면

최초 100% 감면 기간이 종료된 이후 속하는 2개 과세연도에 대해서는 법인세 또는 소득세의 100분의 50을 감면하여 총 5개년 간 세제 혜택이 이어집니다.

★ 최저한세 및 감면 배제 사후관리 주의사항

  • • 최저한세 적용 배제: 사회적기업 세액감면은 중소기업의 경우 법인세 감면율 100% 적용 시에도 최저한세가 적용되지 않아 실질 납부세액이 0원이 될 수 있습니다.
  • • 취소 시 추징 규정: 고용노동부 감사 등으로 사회적기업 인증이 취소되거나 폐업한 경우, 취소일이 속하는 과세연도부터 감면이 즉시 배제되며, 거짓이나 부정한 방법으로 인증을 받은 경우 감면세액 전액이 추징됩니다.
  • • 수도권 과밀억제권역 제한 없음: 청년창업 감면과 달리 과밀억제권역 내 인증 사회적기업도 동일하게 감면이 적용됩니다.
CHAPTER 03

고유목적사업준비금 손금산입 한도와 5년 사후관리 의무

비영리법인(사단법인, 재단법인, 사회적협동조합 등)의 법인세를 합법적으로 '0원'으로 만드는 가장 강력한 세무조정 수단은 법인세법 제29조의 고유목적사업준비금 손금산입입니다.

1. 이자·배당소득 등 금융소득

소득 금액의 100% 손금산입 한도

수익사업 중 금융기관 예금 이자소득, 국채·공채 이자, 증권투자 배당소득 등은 전액 고유목적사업준비금으로 설정하여 과세표준을 0으로 만들 수 있습니다.

2. 일반 수익사업 소득

소득 금액의 50% ~ 100% 손금산입 한도

부동산 임대소득, 용역 매출, 재화 판매 등 일반 수익사업 소득은 원칙적으로 50%(공익법인설립운영법률상 법인은 80%~100%) 한도 내에서 손금산입이 허용됩니다.

치명적 사후관리: 5년 이내 미사용 시 익금산입 및 이자상당가산액 추징

손금으로 산입한 고유목적사업준비금은 설정일이 속하는 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 반드시 정관상 고유목적사업(공익 목적 인건비, 장학금 지급, 공익 세미나 등)에 실제 지출되어야 합니다.

5년 내에 지출하지 않고 잔액이 남아있거나 정관 외 용도로 유용한 경우, 해당 잔액을 5년이 되는 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하고 연 8% 이상의 국세 이자상당가산액을 합산하여 추징당하게 됩니다.

CHAPTER 04

비영리법인의 핵심 난제: 수익사업 vs 비수익사업 구분경리

법인세법 제113조 제1항에 따라 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우, 자산·부채 및 손익을 수익사업에 속하는 것과 비영리사업(고유목적사업)에 속하는 것으로 각각 별개의 회계단위로 구분하여 독립 기장해야 합니다.

구분 기준 비수익사업 (고유목적사업 회계) 수익사업 (법인세 과세대상 회계)
수입 항목 회비 수입, 순수 기부금·후원금, 정부 국고보조금(반대급부 없음) 부동산 임대료, 용역 수탁료, 물품 판매, 유료 교육·출판 수수료
법인세 신고 여부 법인세 신고 대상 제외 (비과세) 법인세 과세표준 신고 및 납부 의무
부가가치세 부가가치세 납세의무 없음 (면세/비과세) 과세 재화·용역 공급 시 10% 부가세 신고·납부
공통경비 안분 대표자 급여, 사무실 임차료, 회계 프로그램비 등 공통비용은 수익사업과 비수익사업의 수입금액 비율 또는 종업원 수 비율로 합리적으로 안분 계산하여 세무조정계산서에 반영해야 함.
⚠️ 국세청 실사 대비 팁: 국세청 비영리 전담팀 조사 시 가장 집중적으로 들여다보는 지점은 "정부 보조금이나 기부금으로 충당된 비용을 수익사업의 손금으로 부당하게 이중 계상했는가"입니다. 회계 전표 수준에서 사업코드(Project Code)를 완벽히 분리하지 않으면 탈세로 간주되어 고액 가산세가 부과됩니다.
CHAPTER 05

기부금 영수증 발급과 지정기부금단체(공익법인) 의무이행 공시

후원자들에게 소득공제 또는 세액공제용 기부금 영수증을 발행하려면 법인세법 시행령 제39조에 따라 기획재정부 장관의 공익법인(구 지정기부금단체) 지정 고시를 득해야 합니다.

1
정관 요건 정비 정관 해산 시 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 유사 목적의 공익법인에 귀속하도록 명시되어 있어야 하며, 수혜자의 출생지·출신학교 등 특수관계에 따른 차별 금지 조항이 반드시 포함되어야 합니다.
2
연간 기부금 모금액 및 활용실적 공개 매년 4월 말일까지 전년도 기부금 모금액과 사업별 지출 명세서를 법인 홈페이지 및 국세청 홈택스에 투명하게 공시해야 합니다. 2개년 연속 미공시 시 지정 취소 처분을 받습니다.
3
기부금영수증 발급대장 작성·보관 (법인세법 제112조의2) 기부자의 성명, 주민등록번호, 주소, 기부금액, 영수증 발급 일련번호를 기록한 발급명세서를 5년간 보관해야 하며, 사실과 다른 가공 영수증 발급 시 2%의 가산세 및 형사처벌 대상이 됩니다.
CHAPTER 06

실제 국세청 세무 소명 사례 및 리스크 방어 전략

사례 1: 사회적기업 감면 소명 서울 마포 교육콘텐츠 인증사회적기업 C사

인증 전 사업 영위 이력으로 조특법 감면 배제 통지 1억 8천만 원 과세 위기 방어

상황: C사는 예비사회적기업을 거쳐 2023년 정식 인증을 받고 100% 법인세 세액감면을 신청했습니다. 관할 세무서에서는 C사가 인증 이전부터 동일한 교육 사업을 영위했다며 "신규 소득 발생" 요건에 하자가 있다는 이유로 3개년 치 감면세액 1억 8천만 원을 추징하겠다는 사전통지서를 발송함.

오투스세무법인 대응: 조세특례제한법 제85조의6 제1항의 명문 규정 및 대법원 판례를 근거로, 감면 기산점은 '인증일 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도'임을 법리적으로 규명. 고용노동부 인증서 발급일과 인증 이후 취약계층 고용 창출 실적 보고서를 체계적으로 증빙 제출하여 세무서 과세 예고 통지를 전면 철회시키고 1억 8천만 원 감면 혜택을 100% 보전함.
사례 2: 고유목적준비금 추징 방어 경기 성남 문화복지 사단법인 D사

수익사업 임대소득 고유목적사업 사용 내역 소명 미비로 8,500만 원 추징 위기

상황: D사는 보유 부동산 임대수익에 대해 고유목적사업준비금을 손금산입했으나, 5년 차 세무 사후관리 점검에서 통장 인출 내역과 공익사업 지출 영수증 간의 증빙 연결고리가 부실하다는 이유로 8,500만 원의 법인세와 이자상당가산액 추징 안내문을 수령함.

오투스세무법인 대응: 5개년 치 법인 계좌 거래내역을 전수 역추적하여, 인출된 자금이 정관상 고유목적사업인 청소년 예술캠프 강사료, 대관료, 교재비로 적법하게 집행되었음을 원천징수이행상황신고서 및 세금계산서와 1:1로 매칭하여 재구성. 과세관청 소명 위원회를 설득하여 전액 손금 인정 처분을 받아 추징금 전액 부과 취소 성공.
CHAPTER 07

실무자를 위한 세무 점검 체크리스트 & 자주 묻는 질문 FAQ 5선

사회적경제·비영리법인 결산 세무 점검 체크리스트

자주 묻는 질문 FAQ 5선

Q1. 비영리 사단법인인데 법인 통장으로 이자가 들어왔습니다. 법인세 신고를 꼭 해야 하나요?

금융기관 이자소득은 비영리법인이라도 법인세법상 '수익사업'에 해당합니다. 다만, 비영리법인은 이자소득만 있는 경우 원천징수(14%)로 납세의무를 종결(분리과세 선택)할 수 있으며, 준비금을 설정하여 기납부 원천징수세액을 전액 환급받는 정식 법인세 과세표준 신고를 진행할 수도 있습니다. 세무 전문가와 실익을 비교해야 합니다.

Q2. 일반 협동조합도 고유목적사업준비금을 설정할 수 있나요?

협동조합기본법상 일반 협동조합은 상법상 영리법인에 해당하므로 고유목적사업준비금을 설정할 수 없습니다. 반면, 사회적협동조합은 비영리법인으로 분류되므로 법인세법 제29조에 따른 고유목적사업준비금 손금산입 혜택을 온전히 적용받을 수 있습니다.

Q3. 예비사회적기업도 조특법 제85조의6 세액감면을 받을 수 있나요?

조특법 제85조의6 세액감면은 사회적기업 육성법 제7조에 따라 고용노동부 장관으로부터 '인증'을 받은 사회적기업만 적용됩니다. 지자체나 부처에서 지정한 '예비사회적기업'은 감면 대상에 해당하지 않으므로, 조속히 정식 인증 요건을 갖추어 인증을 취득해야 세제 혜택을 개시할 수 있습니다.

Q4. 정부 보조금 수령액도 부가가치세 과세 대상인가요?

부가가치세법 기본통칙에 따라, 순수한 사업 수행 지원을 위해 지급되는 정부 국고보조금이나 지자체 보조금은 재화나 용역의 공급 대가(반대급부)가 아니므로 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니합니다. 그러나 정부나 지자체와 용역 계약을 맺고 특정 결과물을 납품하는 위탁용역 형태라면 과세 대상이 될 수 있어 계약 성격을 면밀히 검토해야 합니다.

Q5. 비영리법인이 고유목적사업준비금으로 임직원 급여를 지급해도 인정되나요?

해당 임직원이 법인의 정관에 명시된 고유목적사업(비영리 공익 사업)에 직접 종사하는 인력이라면 인건비 지출 역시 적법한 준비금 사용으로 인정됩니다. 다만, 수익사업(카페, 임대관리 등)에 종사하는 인력의 급여는 수익사업의 손금으로 처리해야 하며 준비금 사용으로 인정되지 않습니다.

세무기장 및 용역 수수료 책정 기준 안내 (표시광고법 및 세무사법 준수)

• 오투스세무법인은 세무사법 및 공정거래 질서 유지를 준수하며, 가격만을 단독으로 노출하는 광고를 일체 진행하지 않습니다.

• 법인사업자 수수료 정책: 사회적기업, 비영리법인, 협동조합은 수입 규모, 사업장 수, 구분경리 복잡도, 정부보조금 정산 범위, 지정기부금단체 공시 의무 여부에 따라 맞춤형 세무기장 및 조세조정 수수료가 개별 산정되므로 일률적 가격 표시를 하지 않습니다.

• 특수 사업자 정책: 공익법인 외부회계감사, 국세청 비영리 특별세무조사 소명, 대규모 기부금 출연 자산 검토 등 특수 세무 사안은 별도 협의 필요 사안으로 정밀 세무 실사를 거쳐 계약이 진행됩니다.

김상부
대표 세무사 칼럼 오투스세무법인 서울분사무소

대표자: 김상부 공인회계사·세무사

대형 회계법인 출신으로 공익법인 및 사회적경제 조직의 회계감사와 세무조정을 다년간 전담해 왔습니다. 복잡한 비영리 세법과 구분경리 체계 속에서 공익법인 지정, 기부금 사후관리, 조특법 법인세 감면의 완전한 합법적 절세를 책임지고 완수합니다.

실시간 전문 세무 상담 접수

사회적기업·비영리법인 세무 상담 신청

사회적기업 법인세 감면, 비영리 수익사업 구분경리, 고유목적사업준비금 세무조정 등 전문 세무사가 신속하고 명확하게 진단해 드립니다.

B2B 파트너십

사회적경제 중간지원조직 및 협의회 세무 제휴

사회적경제지원센터, 공익활동지원센터, 협동조합연합회와의 단체 자문 세무 협약(MOU)을 적극 진행하고 있습니다.